Para hacer un objeto transparente, solo tenemos que marcar en Material la opción Z Transparency y cambiarle el valor de Alpha a más bajo. Donde cero es completamente transparente.

He montado una escena con una ventana y cuatro cristales y una lámpara que da sombra. Si ahora hacemos un render, veremos que la sombra que da en el suelo, es como si el cristal no fuera transparente.

Para que el suelo, reconozca que es un objeto transparente, debemos seleccionar el material y marcarle Receive Transparent

Si ahora hacemos otro render, veremos que ya se ven las transparencias del cristal.

Se pueden crear diferentes tipos de cristal cambiando los colores, la cantidad de transparencia y también tenemos una opción llamada RayTrace.

Al seleccionar la opción Raytrace, nos salen otras opciones con las que podemos crear como un efecto óptico de distorsión por ejemplo subiendo el IOR (que es lo que se conoce como efecto de refracción) (Refracción es el fenómeno por el cual un rayo luminoso sufre una desviación al atravesar dos medios transparentes de distinta densidad)

También podemos poner una textura de imagen y marcarle una cierta transparencia.

Y también hay que tener en cuenta, que algunos cristales o vidrios, tiene tiene diferentes tipos de reflexiones, como los espejos por lo que podemos ponerles también un poco de Mirror.

Hay otra opción, que se puede utilizar, por ejemplo en botellas o objetos que reflejan, y que al reflejar el cielo (World) crea unos efectos no deseados, por lo que podemos elegir en quitarle ese reflejo del world y ponerle que solo refleja los materiales que tiene alrededor. Es la que hay en Fade To: y tenemos Sky (cielo) o Material.

Hay muchas cosas más. pero esto es lo básico.