A veces es más fácil trabajar con una mitad del modelo, luego duplicarlo en espejo y unir los vértices centrales.

Esa es una de las funciones de Remouve doubles.

En esta imagen tenemosun ejemplo. Dos mitades reflejadas y las vamos a juntar y quitar los vértices centrales.

Los unimos lo máximo posible y seleccionamos los vértices centrales y presionamos W y Remouve Doubles.

Si todo ha ido bien nos indicara la cantidad de vértices que ha eliminado.

Si no estuvieran bien colocadas las dos mitades y no removiera ningún vértice, tenemos una opción que es darle un mayor margen para la unión de vértices.

Presionar F9 y en la ventana Mesh Tools y ampliar el Limit: un poco. Es cuestión de ir probando.