Vamos a realizar una operación booleana simple para ver su manejo.

Primero introducimos en escena un cube y luego otra figura que puede ser un tube por ejemplo.

Add>Mesh>Cube, cambiamos de Edit Mode a Object Mode y Add>Mesh>Tube

Se trata de quitarle al cubo la parte central con la forma del tubo, o sea dejar un agujero en el medio del cubo.

Seleccionamos una pieza y con SHIFT presionado seleccionamos la otra.

Presionamos W y luego seleccionamos Union. La pieza se duplicara con su nueva forma, solo tienes que quitar las piezas primera y quitar también el tube y te quedará un cubo con un agujero en medio.

Ahora vamos a crear otra con un cubo y una esfera

Add>Mesh>Cube y cambiamos de Edit Mode a Object Mode, Add>Mesh>UVsphere y las juntamos como en la imagen

Seleccionamos primero el Cubo y después la esfera, presionamos W y Intersect movemos hacia un lado el grupo y debajo queda uno así: